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保護柱是液相色譜分析中重要的色譜耗材，使用保護柱可大大降低分析柱受污染的程度，延長分析柱使用壽命。
保護柱從材質上分：不銹鋼材質和PEEK（聚醚醚酮）材質
PEEK 材質
樣品對金屬離子比較敏感時，選擇PEEK材質比較合適，比如某些蛋白分析會用到PEEK材質的分析柱，主要就是考慮到這方面的因素；
不銹鋼材質
大部分小分子化合物的分析，選擇不銹鋼材質保護柱居多，特別是當流動相體系使用到四氫呋喃（THF）或DMSO等一些溶解性較強的溶劑時，必須選擇不銹鋼材質，甚至對于HPLC系統的管路也需要替換成不銹鋼材質，因THF對于PEEK管路有相當強的腐蝕作用。
從結構上分：卡套式（柱芯+柱套）和直接填裝短柱
直接填裝短柱
這種結構的保護柱實質就是短的色譜柱，一般填裝的填料跟分析柱填料*一樣。生物樣品分析中，用這種類型保護柱居多，除可過濾一些不溶顆粒外，還可除去一些在分析柱上易吸附的雜質。缺點是，一次性使用，污染嚴重時，只能報廢。
卡套式保護柱
卡套式保護柱的柱套可反復使用，柱芯污染后可替換，廠家會提供配套的保護柱芯，但購買時需要注意，柱芯中有與分析柱匹配的填料，需要確認柱芯中的填料類型再購買。同時，柱芯和柱套需是來源于同一廠家的同一規格，否則，會存在匹配上的差異，導致峰型異常或者漏液。
從連接方式上分：獨立式和直連式
獨立式保護柱
保護柱和分析柱之間用一段管路連接，不用擔心與分析柱在連接上的匹配問題。但使用管路連接時，連接不當容易產生死體積。
直連式保護柱
保護柱接口帶螺紋，可直接與分析柱連接，死體積小，UPLC分析時建議選擇直連式保護柱；缺點：購買時需保證接口與分析柱匹配。
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